Su primer paso fue entrar al Club Deportivo Ediciones Mar de Tunja, «Ahí lo empezaron a encaminar mejor», recuerda su papá. El primer equipo ciclista fue el Boyacá es para Vivirla, de categoría Continental (tercera división), en el que debutó en 2009 con 19 años. El director de la escuadra, Vicente Belda, se había fijado en él y le ofreció un contrato antes de que terminara la educación secundaria. En la prueba de esfuerzo adelantada por el equipo los resultados fueron sorprendentes; según palabras del propio Belda: «sabíamos que Nairo Quintana iba a ser muy bueno»... «su prueba de esfuerzo era tan buena que, pensando que se había producido un error, tuvimos que repetírsela».16
Ya ese primer año pudo participar en algunas pruebas europeas enmarcadas en el UCI Europe Tour (el circuito continental europeo, integrado por carreras no incluidas en la máxima categoría del ciclismo mundial). El mejor sub'23 de la Vuelta a la Comunidad de Madrid, estuvo escapado gran parte del Circuito Mont